Otro de los factores que indican la gran importancia de Gadir es que los fenicios construyeron tres templos para sus dioses, el de Astarté, de Cronos o Baal Hammon y el de Melkart o de Hércules, este en Santi Petri, más alejado del núcleo de población.
El Templo de la diosa Astarté estaba en Punta del Nao -hoy en día una especie de arrecife medio sumergido- cerca del Castillo de Santa Catalina, representaba el culto a la madre naturaleza, a la vida y a la fertilidad, se representaba desnuda; el Templo de Cronos o Baal Hammon, muy cerca, en lo que actualmente es el Castillo de San Sebastián. Era el rey de la guerra, la lluvia y el trueno. Se representaba con figura de hombre.
El mas importante era el de Melkart . Los hallazgos de este último santuario, en forma de figurillas de bronce, nos hablan de la religiosidad de los marinos fenicios y de su agradecimiento al dios por permitirles navegar en el Extremo Occidente.
El dios fenicio Melkart, señor de Tiro y de Gadir, se fundió con el griego Heracles-Hércules y siguió reinando con este nombre en el estrecho de Gibraltar, un paisaje que creó con sus propias manos al separar las dos grandes rocas o columnas que llevan su nombre: las Columnas de Hércules. El geógrafo romano Pomponio Mela, nacido muy cerca de Cádiz, escribía en el siglo I d.C. que el templo de Melkart "era célebre por su veneración, por su antiguedad y por sus riquezas", y añadía que "su santidad estriba en que guarda las cenizas de Hércules"; el santuario contaba con un oráculo que fue visitado por Aníbal y Julio César, a quien predijo su grandeza.
La importancia del templo iba más allá del ámbito estrictamente religioso, ya que desempeñaba un papel económico de primer orden. El dios, patrono de marinos y comerciantes, garantizaba la calidad de las mercancías, la corrección de pesos y medidas empleados en las transacciones y el valor de los acuerdos comerciales que se cerraban en su recinto sagrado.